สโมสรฟุตบอลชลบุรี เป็นสโมสรฟุตบอลในประเทศไทย โดยเป็นสโมสรจากจังหวัดชลบุรี ปัจจุบันลงเล่นในไทยลีก เคยได้ตำแหน่งชนะเลิศในฤดูกาล 2550 ซึ่งปัจจุบันใช้สนามชลบุรีสเตเดียม เป็นสนามเหย้าของสโมสร สโมสรฟุตบอลจังหวัดชลบุรี แต่เดิมเป็นทีมฟุตบอลเยาวชนของ โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา โดยมี อรรณพ สิงห์โตทอง, ธนศักดิ์ สุระประเสริฐ, สนธยา คุณปลื้ม และ วิทยา คุณปลื้ม เป็นผู้ดูแล โดยได้ส่งทีมฟุตบอลของโรงเรียนเข้าร่วมการแข่งขันในระดับเยาวชน และได้รับรางวัลชนะเลิศในหลายการแข่งขัน อาทิ การแข่งขันฟุตบอลนักเรียนกรมพลศึกษา เป็นต้น ต่อมาทางทีมฟุตบอลของโรงเรียนจึงสมัครเข้าร่วมการแข่งขัน ฟุตบอลถ้วยพระราชทาน ในนามของ ทีมฟุตบอลโรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา ต่อมาเมื่อ สมาคมสันนิบาตสงเคราะห์ จังหวัดสมุทรปราการ ได้รับตำแหน่งรองชนะเลิศการแข่งขัน ฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานประเภท ข. ประจำปี 2539 ทางกลุ่มผู้ดูแลทีมฟุตบอลฯ ได้มีการเจรจาขอรวมทีม จึงได้ก่อตั้งเป็น สโมสรฟุตบอลชลบุรี–สันนิบาตฯ สมุทรปราการ และได้เข้าแข่งขันใน ดิวิชัน 1
ยุคโปรลีก ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง ต่อมา ในฤดูกาล 2548 ทางฝ่ายจัดการแข่งขันได้มีการกำหนดให้ ทีมจังหวัดที่ชนะเลิศการแข่งขัน รองชนะเลิศ ได้สิทธิ์เลื่อนชั้นไปเล่นใน ไทยลีก และในปีนั้นเอง สโมสรประสบความสำเร็จ โดยได้ตำแหน่งชนะเลิศการแข่งขัน และ ได้สิทธิ์เลื่อนชั้นไปทำการแข่งขันใน ไทยแลนด์พรีเมียร์ลีก ฤดูกาลถัดมา และในปีเดียวกันนั้นเอง ทางสโมสรได้เข้าร่วมการแข่งขัน ฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานควีนสคัพ ในนามของ สโมสรราชประชา และ เข้าร่วมการแข่งขัน สิงคโปร์คัพ อีกด้วย ใน ฤดูกาล 2550 สโมสรฯ ภายใต้การนำของ จเด็จ มีลาภ หัวหน้าผู้ฝึกสอนในขณะนั้น สร้างประวัติศาสตร์ให้กับสโมสรและวงการฟุตบอลไทย โดยสามารถคว้าตำแหน่งชนะเลิศ ไทยลีก ได้เป็นสมัยแรก และถือว่าเป็นสโมสรฟุตบอลจังหวัด สโมสรแรกของประเทศไทยที่ทำได้ พร้อมกับได้สิทธิ์เข้าร่วมการแข่งขัน เอเอฟซี แชมเปียนส์ลีก
สโมสร ได้เริ่มต้นฤดูกาล โดยลงทำการแข่งขัน ฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทาน ก. ประจำปี 2550 โดยได้ตำแหน่งชนะเลิศอีกด้วยในปีนั้น โดยเอาชนะ สโมสรธนาคารกรุงไทย ไปได้ 1-0 จากการทำประตูของ จูเลียส บาก้า ต่อมาก่อนที่ ไทยลีก 2551 จะเริ่มการแข่งขัน ในเดือนเมษายน สโมสร ก็ได้เตรียมการที่จะจดทะเบียนสโมสรให้อยู่ในรูปแบบ บริษัทนิติบุคคล โดยใช้ชื่อ บริษัท สโมสรฟุตบอลชลบุรี จำกัด พร้อมกับจดลิขสิทธิ์ฉายาและตราสัญลักษณ์ของสโมสรด้วย ซึ่งทางบริษัท จะเข้ามาจัดการบริหารสโมสรอย่างเต็มตัว เพื่อความสะดวกในการวางงบประมาณทำทีมและแผนงานต่างๆ ส่วนผลงานในลีก ในฤดูกาลนั้น สโมสร ไม่สามารถป้องกันตำแหน่งชนะเลิศไว้ได้ โดยได้แค่รองชนะเลิศ โดยสโมสรชนะเลิศในฤดูกาลนั้น คือ สโมสรการไฟฟ้าส่วนภูมิภาค แต่ก็ยังได้สิทธิ์เข้าร่วมการแข่งขัน เอเอฟซี คัพ ซึ่งเป็นถ้วยรองในระดับทวีปเอเชียแทน เข้าร่วมแข่งขันในระดับทวีปครั้งแรก โมสรได้เข้าร่วมการแข่งขัน เอเอฟซี แชมเปียนส์ลีก เป็นครั้งแรก โดยจับฉลากแบ่งสาย อยู่ในสาย G ร่วมกับ เมลเบิร์น วิกตอรี (ออสเตรเลีย) กัมบะ โอซะกะ (ญี่ปุ่น) และ ชุนนัม ดรากอนส์ (เกาหลีใต้) โดยสโมสรได้เลือก สนามศุภชลาศัย เป็นสนามเหย้าแทน เนื่องเพราะ สนามสถาบันการพลศึกษา วิทยาเขตชลบุรี ไม่ผ่านมาตรฐานของ สมาพันธ์ฟุตบอลเอเชีย ด้านผลงานของสโมสรในการแข่งขัน สโมสรทำผลงานได้อย่างยอดเยี่ยม โดยในช่วงสองเกมแรก สามารถบุกไปเสมอ กัมบะ โอซะกะ ได้ถึงญี่ปุ่น และ กลับมาชนะ เมลเบิร์น วิกตอรี ได้ที่สนามศุภชลาศัย 3 ประตูต่อ 1
แต่ทว่า ใน 4 เกมที่เหลือ สโมสรทำผลงานได้ไม่นัก โดยเก็บได้แค่คะแนนเดียว ในเกมที่เสมอกับ ชุนนัม ดรากอนส์ ทำให้สโมสร ต้องตกรอบแบ่งกลุ่มในปีนั้นด้วยอันดับสุดท้าย แต่ก็เป็นเกียรติประวัติให้กับสโมสร ได้เป็นที่รู้จักในระดับเอเซียมากขึ้น ปี 2552 สโมสรได้มีการเปลี่ยนแปลง หัวหน้าผู้ฝึกสอน โดยได้แต่งตั้ง เกียรติศักดิ์ เสนาเมือง จาก สโมสรจุฬาฯ-สินธนา มาแทน จเด็จ มีลาภ ที่ย้ายไปเป็นหัวหน้าผู้ฝึกสอน สโมสรพัทยา ยูไนเต็ด โดยเริ่มต้นในปีนี้ ด้วยการได้ตำแหน่งชนะเลิศ ฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทาน ก. ประจำปี 2551 ได้อีกครั้ง และเริ่มต้นการบริหารในรูปแบบนิติบุคคลขึ้น แต่ผลงานในลีก ก็ยังไม่ประสบความสำเร็จ โดยทำได้เพียงตำแหน่งรองชนะเลิศอีกครั้งหนึ่ง โดยสโมสรชนะเลิศในฤดูกาลนั้น คือ สโมสรเมืองทอง-หนองจอก ยูไนเต็ด
สโมสร ได้สิทธิร่วมแข่งขันในรายการ เอเอฟซี คัพ ในฐานะรองชนะเลิศของลีก โดยจับฉลากแบ่งสายรอบแรก ชลบุรีได้อยู่ในสาย G โซนตะวันออก โดยอยู่ร่วมสายเดียวกับทีม ฮานอย เอซีบี (เวียดนาม) อีสเทิร์น แอธเลติก (ฮ่องกง) และ เคดาห์ (มาเลเซีย) ด้วยผลงานอันยอดเยี่ยมชลบุรีเข้ารอบ 16 ทีมสุดท้ายในฐานะแชมป์ของกลุ่ม G ไปเจอกับทีม พีเอสเอ็มเอส เมดาน จากประเทศอินโดนีเซีย ซึ่งชลบุรีเอาชนะไปได้ด้วยสกอร์ 4 ประตูต่อ 0 ผ่านเข้ารอบ 8 ทีมสุดท้ายได้สำเร็จ พบกับบินห์เยือง สโมสรจากเวียดนาม แต่ก็ต้องพบกับความผิดหวังเมื่อทีม ตกรอบ 8 ทีมสุดท้าย
ในปี 2553 สโมสรได้แต่งตั้ง จเด็จ มีลาภ กลับมาคุมทีมอีกครั้ง พร้อมกับย้ายสนามเหย้าจาก สนามสิรินธร ภายในโรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา มาที่ สนามสถาบันการพลศึกษา วิทยาเขตชลบุรี โดยในฤดูกาลนี้ สโมสรจบด้วยอันดับที่ 3 ในการแข่งขัน แต่ก็ยังสามารถคว้ารางวัลชนะเลิศฟุตบอลถ้วย มูลนิธิไทยคมเอฟเอคัพ เป็นครั้งแรก ทำให้สิทธิ์เข้าร่วมการแข่งขัน เอเอฟซีคัพ ฤดูกาล 2554
ในปี 2554 สโมสร ได้ย้ายสนามเหย้าจาก สนาม สพล. ชลบุรี มาใช้ ชลบุรี สเตเดียม โดยได้ วิทยา เลาหกุล มารับตำแหน่งผู้จัดการทีมเต็มตัว โดยทำงานร่วมกับ จเด็จ มีลาภ ซึ่งในปีเดียวกันนี้ สโมสรสามารถคว้าตำแหน่งชนะเลิศ ฟุตบอลถ้วยพระราชทาน ก. ประจำปี 2554 มาครองไว้ได้ ซึ่งถือเป็นสมัยที่สามในประวัติศาสตร์สโมสร และจบอันดับด้วยตำแหน่งรองชนะเลิศ ไทยลีก เป็นสมัยที่ 3 แต่ได้สิทธิเข้าไปเล่น รอบคัดเลือกใน เอเอฟซี แชมเปียนส์ ลีกอีกครั้ง ในฤดูกาลนี้ สโมสรได้สิทธิเข้าร่วมการแข่งขันอีกครั้ง ใน ชนะเลิศ ไทยเอฟเอคัพ โดยผลการจับสลากแบ่งสาย สโมสรอยู่สาย H ร่วมสายกับ เปอซิปุระชัยปุระ (อินโดนีเซีย) เซาต์ไชน่า (ฮ่องกง) และ คิงฟิชเชอร์อีสต์เบงกอล (อินเดีย)ผลการแข่งขันในรอบแบ่งกลุ่ม ปรากฏว่า สโมสรสามารถคว้าอันดับที่หนึ่งของกลุ่ม H ด้วยผลงาน ชนะ 4 เสมอ 1 และแพ้ 1 มี 13 คะแนน ได้สิทธิเข้ารอบ 16 ทีมสุดท้ายและได้สิทธิเล่นเป็นเจ้าบ้านพบกับ ศรีวิจาย่า จากอินโดนีเซีย และสามารถเอาชนะเข้าสู่รอบ 8 ทีมสุดท้ายได้ โดยเข้าไปพบกับทีม นาซาฟ จากอุซเบกิสถาน โดยชลบุรีเป็นฝ่ายแพ้การดวลจุดโทษนาซาฟหลังประตูรวมสองนัดเท่ากัน 1 ประตู ต่อ 1 ตกรอบไปในที่สุด ปี 2555 สโมสร ได้มีการเปลี่ยนผู้สนับสนุนอุปกรณ์กีฬาจากเอฟบีที เป็น ไนกี้ และเริ่มเปิดฤดูกาลด้วยการป้องกันตำแหน่งคว้าตำแหน่งชนะเลิศ ฟุตบอลถ้วยพระราชทาน ก. ไว้ได้อีกสมัย โดยการเอาชนะจุดโทษ สโมสรบุรีรัมย์ ยูไนเต็ด ไป 6 ประตูต่อ 5 ภายหลังเสมอในเวลา 90 นาที 2 ประตูต่อ 2 ส่วนในลีกนั้น ชลบุรีทำได้เพียงตำแหน่งรองชนะเลิศ เป็นสมัยที่ 4 ส่วนจเด็จ มีลาภ ย้ายไปเป็นผู้จัดการทีมสงขลา ยูไนเต็ด